對熒光-PCR法的數(shù)據(jù)處理我們要了解一個關鍵的因素“Ct值”。在實時定量PCR的數(shù)據(jù)圖中，x-軸表示PCR循環(huán)數(shù)，y-軸表示擴增反應的熒光值，也就是擴增產(chǎn)物的量。這個圖中有基線、閾值、Ct值這幾個概念，從這幾個值我們能夠最終得到模板中目的基因的含量。

　　基線是擴增曲線中的水平部分。在反應初階段，雖然產(chǎn)物是指數(shù)級增長，但是由于總量太少，其熒光處于背景水平，檢測不到熒光增加。因此基線信號的產(chǎn)生是由于測量的偶然誤差引起的。然而當累積了足夠的擴增產(chǎn)物，足以產(chǎn)生可檢測的熒光信號時，這個信號的值就被稱為閾值，通常閾值默認為基線信號的標準偏差×10。在閾值的前后，PCR的反應仍然是指數(shù)級增長的，因此此時的PCR結果可靠，可以準確地反映體系中模板的初始量。Ct值是信號強度達到閾值時所需要的循環(huán)數(shù)，也就是擴增曲線與閾值的交叉點。

　　為什么知道了Ct值就能夠得到初的目的基因含量呢？

　　一個基因的單次反應擴增曲線中要計算擴增產(chǎn)物的分子數(shù)N，它等于模板的分子數(shù)乘以1+擴增效率的n次方，n代表循環(huán)次數(shù)。也就是說，如果擴增效率為100%，產(chǎn)物分子數(shù)就等于模板數(shù)乘以2的n次方。但是顯然，在線性增長期和平臺期，擴增效率不可能是100%，因此上述PCR理論方程只在指數(shù)期成立。